インドネシアGPのMotoGPのトレーニングが終了し、アレイシ・エスパルガロがマンダリカで新しいラップレコードを達成しました：1分30.474秒。この結果、明日の予選の第2フェーズに進出する10人のライダーの1人となり、ミゲル・オリベイラも7位で同様に進出しました。
最初のラップが始まると、ファビオ・ディ・ジャンナントニオ（グレシーニ・レーシング/ドゥカティ）がトップに立ち、ホルヘ・マルティン（プライマ・プラマック/ドゥカティ）が2位に続きました。最初のフリープラクティスのベストタイムを下回るペースで走行し、ディ・ジャンナントニオが初期の数分でリズムを作りました。
アレイシ・エスパルガロ（アプリリア）が2位に上がり、その後リーダーシップを奪取しました。10分が経過した時点で、ミゲル・オリベイラ（クリプトデータRNF MotoGPチーム/アプリリア）が3位、ファビオ・クアルタラロ（モンスターエナジー・ヤマハ）が4位にいました。マルク・マルケスとジョアン・ミル（レプソル・ホンダ）、さらにジャック・ミラー（レッドブル・KTM）も速さを見せ、トップ5に入っていました。
リーダーの交代が残り48分で発生し、ビニャーレスがアレイシ・エスパルガロを抜いて先頭に立ったが、数瞬後に順位が入れ替わった。マルティンがすでに3位にいる中、表彰台の上位は数分間変わらなかった。
チェッカーフラッグまで13分を切ったところで、アレイシ・エスパルガロがリーダーシップを強化し、1分30秒に近づいた…が、10コーナーで転倒してしまった。これを利用したのがビニャーレスで、チームメイトを抜き去り、その後すぐにマルコ・ベッゼッキ（ムーニーVR46レーシングチーム/ドゥカティ）も続いた。イタリア人は新たなラップレコードを達成した。
最後の数分間の恒例のタイムアタックで、最初の大きな改善を見せたのはブラッド・ビンダー（レッドブルKTM）で、彼は2位に入った。その後、アレイシ・エスパルガロが新しいリーダーとなり、ベッゼッキを0.170秒差で抜いた。
最後まで大きな変化はなかった。ビンダーは3位、ビニャーレスは4位、マルティンは5位でフィニッシュ。マルク・マルケス、オリベイラ、ディ・ジャンナントニオ、ミラー、クアルタラロもQ2への直接進出を確保したが、チャンピオンシップリーダーのフランチェスコ・バニャイア（ドゥカティ）は16位だった。イタリア人は最後のラップで改善していたが、最後にミスを犯してしまった。
タイム:
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