インドネシアMotoGPのポールポジション争いに参加する最後の2人のライダーが決定しました。少し驚きながら、ヨハン・ザルコとラウル・フェルナンデスが今朝マンダリカで行われた予選の第一段階で最も速いタイムを記録しました。
フェルナンデス（トラックハウス/アプリリア）とザルコ（LCRホンダ）は、最初のアタックラップの後、わずか9千分の差でトップ2に入りました。ブラッド・ビンダー（レッドブルKTM）はリーダーから0.337秒遅れの3位でした。
セカンドアタックラップが始まると、状況は劇的に変わりました：アレックス・マルケス（グレシーニ/ドゥカティ）がトップに立ち、アレックス・リンス（モンスターエナジー・ヤマハ）が2位に上がり、ラウル・フェルナンデスは3位に後退しました。
残り3分で、ビンダーがKTM RC16に技術的な問題を抱え、アタックラップの準備をしているときに予選が終了しました。南アフリカ人ライダーにとっては予選の終わりでした。
その後すぐに、ザルコが1分29秒台に突入しトップに立ち、ラウル・フェルナンデスが2位に上がり、再び予選通過圏内に入りました。アレイックス・エスパルガロ（アプリリア）は、予選通過まで0.048秒差の3位にいましたが、その後転倒しました。
最後まで、トップ5の順位は変わらず、ザルコとラウル・フェルナンデスはQ2進出を確保しましたが、エスパルガロとアレックス・マルケスはQ1で転倒し、予選通過を逃しました。
アレックス・リンス（モンスターエナジー・ヤマハ）は5位に入り、レースのグリッドでは15位に相当します。また、ジャック・ミラー（レッドブル）、ビンダー、レプソルホンダの2人、ジョアン・ミルとルカ・マリーニなどのライダーも予選通過を逃しました。
