Por quinta vez esta temporada, Iván Ortolá partirá desde la pole position en Moto3. El piloto fue el más rápido en la clasificación del GP de Japón, estableciendo una nueva vuelta récord en Motegi con un tiempo de 1m54,761s.
Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) fue el primer líder de la Q1, seguido por David Alonso (CFMOTO Gaviota Aspar) que fue 0,304s más lento en las primeras vueltas lanzadas. Joel Kelso (BOE Motorsports/KTM) ocupaba la tercera posición.
Ortolá (MT Helmets-MSi/KTM) fue el piloto que se colocó en la cima de la tabla, relegando a Veijer a la segunda posición por 0,387s, mientras que Alonso pasó a ser tercero, y Ángel Piqueras (Leopard Racing/Honda) cuarto.
En los últimos cinco minutos, Ryusei Yamanaka (MT Helmets-MSi/KTM) alcanzó la tercera posición y, después, estuvo por momentos en segundo lugar antes de que Veijer recuperara la posición. Y el holandés finalmente logró llegar a la cabeza en el último minuto.
Sin embargo, Ortolá lo hizo aún mejor al ser el único en rodar en 1m54s (1m54,761s) para asegurar la pole position, superando a Veijer por claros 0,356s. Alonso aseguró la tercera posición a 0,409s, y su principal perseguidor en el campeonato, Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3), quedó relegado a la novena posición.
