Las híbridas Versys y Eliminator utilizan el mismo motor de dos cilindros de 451 cc, complementado por un motor eléctrico posicionado encima de la caja de cambios. En ambos modelos, la batería fue reposicionada debajo del asiento sobre el motor, con la caja de aire colocada justo detrás. Esto liberó espacio debajo del asiento, permitiendo a los diseñadores adoptar proporciones y estilos más acordes con las tendencias modernas.
Curiósamente, el número 7 en los nombres Ninja 7 y Z7 Hybrid no se refiere a la capacidad del motor, sino a la equivalencia de rendimiento ofrecida por el sistema híbrido, equivalente a un motor de combustión interna de 700 cm³. Cuando los dos motores trabajan juntos, alcanzan una potencia de 69 cv y 6,1 kgm de par.
La Eliminator tiene dos depósitos de combustible de plástico, uno a cada lado, conectados por un tubo que permite su uso simultáneo. Esto ayudó a equilibrar el peso de la gasolina con el de la batería montada más arriba. El depósito de combustible de la Versys Hybrid, por otro lado, es un elemento único que envuelve la parte superior de la batería, manteniendo el combustible en los laterales y extendiéndose hasta la parte delantera de la moto.