今シーズン5回目となるポールポジションを、イバン・オルトラがMoto3で獲得します。彼は日本GPの予選で最速タイムを記録し、モテギでの新しいラップレコード1分54秒761を樹立しました。
コリン・ヴェイジャー（Liqui Moly Husqvarna Intact GP）はQ1の最初のリーダーで、ダビド・アロンソ（CFMOTO Gaviota Aspar）が0.304秒遅れて追いかけていました。ジョエル・ケルソ（BOE Motorsports/KTM）が3位にいました。
オルトラ（MT Helmets-MSi/KTM）がその後、タイムテーブルのトップに立ち、ヴェイジャーを0.387秒差で2位に relegatingし、アロンソが3位、アンヘル・ピケラス（Leopard Racing/Honda）が4位になりました。
残り5分以内で、山中竜星（MT Helmets-MSi/KTM）が3位に入り、その後一時的に2位に上がりましたが、ヴェイジャーがその位置を取り戻しました。そして、オランダ人は最後の1分でリーダーに立ちました。
しかし、オルトラはさらに素晴らしい走りを見せ、1分54秒台（1分54秒761）でポールポジションを確保し、ヴェイジャーに対して明確な0.356秒差で勝利しました。アロンソは0.409秒差で3位を確保し、チャンピオンシップの主な追い上げ手であるダニエル・オルガド（Red Bull GasGas Tech3）は9位に relegatedされました。
