Zum fünften Mal in dieser Saison wird Iván Ortolá von der Pole Position im Moto3 starten. Der Fahrer war der Schnellste in der Qualifikation zum GP von Japan und stellte eine neue Rekordrunde in Motegi mit 1m54,761s auf.
Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) war der erste Führende der Q1, verfolgt von David Alonso (CFMOTO Gaviota Aspar), der in den ersten fliegenden Runden 0,304s langsamer war. Joel Kelso (BOE Motorsports/KTM) lag auf dem dritten Platz.
Ortolá (MT Helmets-MSi/KTM) war der nächste Fahrer, der an die Spitze der Tabelle kam und Veijer um 0,387s auf den zweiten Platz verwies, während Alonso auf den dritten Platz und Ángel Piqueras (Leopard Racing/Honda) auf den vierten Platz vorrückte.
In den letzten fünf Minuten erreichte Ryusei Yamanaka (MT Helmets-MSi/KTM) den dritten Platz und war danach kurzzeitig auf dem zweiten Platz, bevor Veijer den Platz zurückeroberte. Der Niederländer schaffte es schließlich, in der letzten Minute die Führung zu übernehmen.
Allerdings machte Ortolá es noch besser, indem er der einzige war, der in 1m54s (1m54,761s) fuhr, um die Pole Position zu sichern und Veijer um klare 0,356s zu schlagen. Alonso sicherte sich den dritten Platz mit 0,409s Rückstand, während sein Hauptverfolger in der Meisterschaft, Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3), auf den neunten Platz zurückfiel.
