Pour la cinquième fois cette saison, Iván Ortolá partira de la pole position en Moto3. Le pilote a été le plus rapide lors des qualifications du GP du Japon, établissant un nouveau tour record à Motegi en 1m54,761s.
Collin Veijer (Liqui Moly Husqvarna Intact GP) a été le premier leader de la Q1, poursuivi par David Alonso (CFMOTO Gaviota Aspar) qui était 0,304s plus lent lors des premiers tours lancés. Joel Kelso (BOE Motorsports/KTM) était en troisième position.
Ortolá (MT Helmets-MSi/KTM) a été le pilote suivant en tête du classement, reléguant Veijer à la deuxième place avec 0,387s de retard, tandis qu’Alonso est devenu troisième, et Ángel Piqueras (Leopard Racing/Honda) quatrième.
Dans les cinq dernières minutes, Ryusei Yamanaka (MT Helmets-MSi/KTM) a atteint la troisième position et, ensuite, a été brièvement en deuxième position avant que Veijer ne récupère sa place. Et le Néerlandais a finalement pris la tête dans la dernière minute.
Cependant, Ortolá a fait encore mieux en étant le seul à tourner en 1m54s (1m54,761s) pour garantir la pole position, battant Veijer de 0,356s. Alonso a assuré la troisième position à 0,409s, et son principal poursuivant au championnat, Daniel Holgado (Red Bull GasGas Tech3) a été relégué à la neuvième place.
