フランコ・モルビデッリはインドネシアGPに最良の形で入った。イタリア人はマンデリカでのMotoGPの最初のフリー走行で一貫して最も速いライダーの一人であり、路面状況の進化が特徴のセッションをリードした。ミゲル・オリベイラは転倒のため最後の17分を欠場し、22位で終わった。
最初のアタックの後、リーダーはファビオ・クアルタラロ（モンスターエナジー・ヤマハ）で、ヨハン・ザルコ（LCRホンダ）が2位、ホルヘ・マルティン（プライマ・プラマック/ドゥカティ）が3位だった。
マルク・マルケス（グレシーニ/ドゥカティ）がその後リーダーとなり、ペドロ・アコスタ（レッドブル・ガスガス・テック3/ KTM）が2回目のアタックの後に追いかけてきた。この状況は長く続かず、マルティンがトップに立ち、マルク・マルケスは2位に relegatedされた。2人はその後、マルコ・ベッゼッキ（ペルタミナ・エンデューロ・VR46/ドゥカティ）によって引き離された。
最初の15分が終わると、マーベリック・ビニャーレス（アプリリア）がマルティンに続いて2位となり、1分31秒で走行し、リーダーとなった。ファビオ・ディ・ジャンナントニオ（ペルタミナ・エンデューロ・VR46/ドゥカティ）、ベッゼッキ、モルビデッリ（プライマ・プラマック/ドゥカティ）がトップ5を締めた… しかし、イタリア人はその後すぐにリーダーに立ち、クアルタラロは2位に上がり、0.019秒差だった。
路面状況は改善され、したがってラップタイムも向上していった。終了まで18分のところで、LCRホンダが驚きをもたらし、中上貴晶が数瞬の間1位に立ったが、マルティンとベッゼッキに抜かれた。しかし、数分後、LCRホンダのバイクが再びリードした – 今度はヨハン・ザルコのバイクだった。
@takanakagami30の素晴らしいパフォーマンス！👏
— MotoGP™🏁 (@MotoGP) 2024年9月27日
残り17分で最速タイムを記録！🔥🔥💥#インドネシアGP 🇮🇩 pic.twitter.com/yL6Idh2fAR
フランス人は、残り10分でモルビデリに抜かれてしまった。イタリア人はヴィニャーレスとアコスタにも抜かれたが、最後の周回で1分30.689秒のベストタイムを出し、ヴィニャーレスを0.221秒差で上回った。
マルティンは3位でフィニッシュし、アコスタとザルコがマルク・マルケスの前でトップ5を完了した。フランチェスコ・バニャイア（ドゥカティ）は控えめで、トップから1.105秒遅れの14位だった。
オリベイラについては、トラックハウス・レーシングのポルトガル人が残り17分でハイサイドを喫し、サーキットの医療センターに行かなければならなかった。22位、最下位で終わった。
